龐巴迪正努力於修改內湖線的軟體，捷運局也表示事涉對方商業機密所以無從了解。

捷運局陳椿亮表示，龐巴迪提出的改善方案，有些在每天電聯車夜間收班後進行，有些需要較長時間修改與測試；龐巴迪已感受到台北市民的不耐與責難，關鍵軟體版本已修正，希望能提升系統運轉的穩定度。
捷運公司副總經理沈志藏表示，軟體版本修正後，要跑久一點才知問題是否再出現，約一周就知道效果，時間短看不出問題，整個自動控制系統要慢慢調。
　陳椿亮表示，軟體修正牽涉商業機密，都是龐巴迪人員自己動手，捷運局與捷運公司人員只學到皮毛。

但依據CSQA所公佈的國際上通過CMMI評鑑家數所知，台灣在2008年8月共計通過88家，位居世界第7名，加拿大共計通過43家，位居世界第14名，我門的能力遠在加拿大之上，為何國內業者不自行開發新版捷運控制系統軟體，除可解決內湖線的問題，甚至於可外銷全世界。